A falu első írásos említése 1275-ből származik. Ekkor Tharian maior és minor névalakban szerepelt. 1461, és 1570 ben is mezővárosként említik, mely rangját a török idők alatt elvesztett.
Az 1672-es dézsmaösszeírásban már megtalálható a Csernyik családnév, szintén ezen dézsmajegyzék szerint a falu bortermelő gazdaságainak száma 16.
Az 1766-os dézsmajegyzék szerint a tarjáni jobbágyok mentesültek a gabona, a bárány, a papi dézsma alól, és a robot egy része alól, mindezek helyett a jobbágyok eggyütt 250 forintot fizettek, valamint borból dupla dézsmát adtak. Ekkor a falu határában az Alsó Újmál hegyen 165, a Felső Újmálon 58, az Alsó Dióson 43, a Felső Dióson 98, a Puttonyoson 83, a Körtvélyesen 84, összesen 511 kapás szőlőt (40-80 hektár) használtak a gazdák.( 1 kapás szőlő talaj és domborzati viszonyoktól függően 750-1500 m2)
1866-ban a falu szőlőterülete 476 kataszteri hold volt ( kb 250 hektár)
1930-ban a falu szőlőterülete 1265 kataszteri hold ( kb 700 hektár) A faluban az 1900-as évek elején lignitbánya, agyagbánya, tégla és cserépgyár is működött.
Gyöngyöstarján falurészeinek lassan feledésbe merülő nevei:
Hegy: Hősök út (korábban hegyi út), Poszonyi út, Kossuth út,
Alszög: Rákóczi út
Főszög: Dobó egy része melyet Viktor part néven is neveztek, valamint a Kassa,és az Árpád út
Középsor: a Dobó út a templomtól a mostani falumúzeumig
Lövőce: István út, fajzati út
Sikar: a Deák Ferenc út
Fátyol szög: A petőfi út első szakasza
Papkert: a mostani Damjanich és Rózsa út
Völgy: A mostani Széchenyi út.
Ezen falurész elnevezések korábban többnyire csak egy egy utcát jelöltek, és valószínűleg a mostani utcanevek elődei voltak.